Les livres et documents afférant à la tenue de la comptabilité, doivent être conservés pendant un délai minimum de trois années suivant celle au titre de laquelle l'imposition est due.

Limites physiques du système comptable

Les comptabilités sont désormais informatisées et, aux différents fichiers d'une application comptable, il faut ajouter :

• les programmes permettant le traitement des fichiers concernés,
• la documentation écrite, claire et à jour, concernant les programmes.

Limites du contrôle

Le contrôle peut porter sur les différents éléments de résultats (bilan, balance, compte d'exploitation...), mais également sur les données qui concourent, directement ou non, à la formation du résultat comptable et fiscal ainsi qu'à l'établissement des déclarations obligatoires.
Il est donc indispensable de conserver :

• la trace des données et opérations depuis l'origine jusqu'à la comptabilité (saisie)
• les historiques des mouvements (commandes, livraisons, mouvements de stocks, factures...)
• les fichiers de référence (plan comptable, tarifs, contrats, fichiers clients, fournisseurs...).

Il est nécessaire de conserver la piste d'audit.
On parle notamment de PAF (Piste d'Audit Fiscal) dans le cadre du Contrôle des Comptabilités Informatisées.

Lieu du contrôle

Bien qu'il existe plusieurs possibilités, dans la pratique, les contrôles seront effectués sur le matériel de l'entreprise sous la conduite des agents de l'Etat. C'est dire qu'il est nécessaire que tout système comptable (matériel et logiciels) soit conservé en état de marche (donc pas au fond d'une cave) pendant tout le délai nécessaire.
En cas de changement de matériel, il est donc prudent de conserver l'ancien en marche (par exemple pour une activité marginale) et de disposer d'un minimum de personnel compétent sur ce système. Dans le cas contraire, un contrôle fiscal banal pourrait avoir des conséquences financières considérables.

Externalisation des traitements comptables

Même lorsque les traitements sont partiellement ou totalement externalisés, l'entreprise conserve sa responsabilité.
Il est donc primordial de s'assurer au départ d'un contrat des conditions éventuelles de contrôle fiscal, notamment en incluant l'hypothèse d'un contrôle des programmes source.
L'Administration insiste sur l'importance qu'il y a pour les entreprises de prévoir des modalités d'accès à ces codes-source, notamment par la rédaction de clauses contractuelles avec le sous-traitant, d'assistance ou de dépôt des codes-source auprès d'un organisme dépositaire assurant la protection des programmes.